W roku 1994 firma TcX rozpoczęła prace nad aplikacjami dla WWW, wykorzystując do ich tworzenia system UNIREG.

Niestety, ten ostatni pochłaniał zbyt wiele zasobów, by skutecznie radzić sobie z generowaniem dynamicznych stron WWW. Firma zaczęła spoglądać w stronę języka SQL i systemu mSQL. Ten jednak wówczas był dostępny w wersji 1.x, nie obsługującej indeksów, co powodowało, że jego wydajność w porównaniu z systemem UNIREG była niewielka. Widenius skontaktował się z Hughesem – autorem systemu mSQL – aby dowiedzieć się, czy byłby on zainteresowany połączeniem mSQL-a z dostępną w UNIREG procedurą ISAM indeksowania B+. Hughes jednakże był już dość zaawansowany w pracach nad mSQL 2 i miał już gotowy mechanizm indeksowania. W TcX zdecydowano się zatem na stworzenie serwera baz danych, który byłby bardziej zgodny z tym mechanizmem. Projektanci z TcX byli na tyle sprytni, aby nie odkrywać Ameryki no nowo. Wykorzystując jako fundament systemu UNIREG, rozbudowali go tak, by mógł czerpać z wciąż rosnącego zbioru narzędzi przeznaczonych dla mSQL, a dostarczanych przez firmy trzecie. Było to możliwe dzięki wyposażeniu nowego produktu w interfejs programowy praktycznie identyczny i interfejsem mSQL. Dzięki temu użytkownicy systemu mSQL, pragnący wykorzystać znacznie bogatszy w funkcje serwer TcX, mogli zaadoptować już istniejący kod, wprowadzając do niego minimalne zmiany. Kod obsługujący nową bazę danych był jednak całkowicie oryginalny. Do maja 1995 roku firma TcX opracowała bazę danych, spełniajacą jej wewnętrzne potrzeby – MySQL 1.0. David Axmark, partner handlowy TcX z firmy Detron HB, rozpoczoł naciski w celu udostępnienia nowego serwera w Internecie. Wydanie Internetowe miało być ukierunkowane na użycie modelu biznesowego opracowanego przez Petera Deutscha z firmy Aladdin. Powstała w rezultacie umowa licencyjna okazała się bardzo elastyczna i uczyniła MySQL „bardziej darmowym” niż mSQL. Od czasu pierwszego wydania internetowego implementacje systemu MySQL opracowano dla wielu odmian systemu Unix, Win32 oraz OS/2. Firma TcX szacuje, iż MySQL pracuje na około 500 tys. Serwerów. Główne zmiany w aktualnie zalecanej wersji 3.22 to: • Większe bezpieczeństwo • Poprawa szybkości połączeń, szybka analiza zapytań SQL oraz lepszy optymalizator zapytań, • Obsługa szerszego wachlarza systemów operacyjnych, • Polecenia INSERT DELAYED • Polecenia GRANT i REVOKE, • Polecenia CREATE INDEX I DROP INDEX, • Poziomy blokad HIGH_PRIORITY i LOW_PRIORITY dla wyrażenia SELECT, INSERT, UPDATE I DELETE • Nowe polecenia FLUSH, KILL • Klauzula HAVING • Użycie kompresji w protokole klient-serwer • Zapisywanie domyślnych opcji programu w plikach my.cnf